電気通信省電気通信研究所所管の新発田電波観測所（当時、新潟県北蒲原郡聖籠村）は、昭和21 年3月25日文部省電波物理研究所により設立された。また、同 所管の深浦電波観測所（当時、青森県西津軽郡深浦 町）は、昭和21年7月20日に文部省電波物理研究所により設 立された。

新発田観測所と深浦観測所は統合がされ、当初昭和24年11月5日に組織の上で 電波庁電波部電離層課秋田分室として発足し、 昭和24年12月1日付で秋田観測所として開設さ れた。